遺伝子解析実験プロトコル

DNAやmRNAのエタノール沈殿をすると、収量が減ってしまって困っているという方はいませんか？目的物をロスせず、回収効率を上げるために気を付けるべきポイントを4点挙げましたので参考にしてください。DNAやRNA濃度を高くするDNA濃度やRNA濃度が低いと、あまり沈殿しなくなり、収量が悪くなります。析...

SYBR GREEN法によるqPCRのプライマー設計に、PRIMER3などの専用ソフトを利用しているラボも多いと思います。ですが、そのような専用ソフトやフリーソフトを使用しなくても、WEB上でプライマーを設計できてしまう方法をご紹介したいと思います。習うより慣れろです。まずは試してみましょう。遺伝子...

RT-PCRやgenotypingによく用いられる実験機器であるサーマルサイクラー。うまくPCRがかからない、いつもと違って何かがおかしい・・・という場合にチェックすべきポイントを３つ挙げておきます。8連チューブの本体とフタのメーカーが合っていない本体とフタが合っていない場合、加熱・冷却のサイクルの...

DNAの濃度や純度をチェックする場合にNanoDropで吸光度を測定することが多いと思います。通常、DNAの260/280比は1.8程度が望ましい値とされています。しかし、この値を大きく超える場合(例えば2.0以上)、サンプル中にRNAが残っている可能性があります。1本鎖であるRNAのほうが、2本鎖...

リアルタイムqPCRの内部標準としてどの遺伝子を使うべきか？GAPDHやβ-actin、HPRTなどのハウスキーピング遺伝子を使うのが一般的だと思います。ですが、サンプルの種類や状態によっては、これらの遺伝子発現も結構ぶれてしまって、判断に迷う場合があります。最適なインターナルコントロールを選択する...

リアルタイムqPCRの遺伝子発現の定量方法としてΔΔCt(以下DDCt)法と検量線法がよく使われますが、どちらが良いのかということがしばしば議論されます。DDCtは増幅効率を考慮に入れないので正確性に欠ける、だからDDCt法など絶対にダメだ、そんなデータなんか信用できない、と考える人もいます。確かに...

エタノール沈殿やChIPアッセイの脱クロスリンクなどで使われる5M NaClですが、溶液を作るときにNaClがなかなか溶けきれなくて苦労する人も多いと思います。というのも、NaClの飽和溶解度は室温で約36g/100g水であり、モル濃度換算すると5Mにかなり近い値となるからです。つまり、5Mというの...

KOマウスなどのジェノタイピングでバンドが出ない、不要なバンドが出過ぎてよくわからないなどの失敗に対処するためのチェック項目をまとめました。DNAが抽出できない抽出したDNAは溶液中に均等に溶けているのではなく、下のほうに沈殿していることがあります。なのでPCR反応に使おうとしてDNA溶液の上のほう...