サーマルサイクラーでのPCR反応に失敗する原因

RT-PCRやgenotypingによく用いられる実験機器であるサーマルサイクラー。
うまくPCRがかからない、いつもと違って何かがおかしい・・・という場合にチェックすべきポイントを３つ挙げておきます。

本体とフタが合っていない場合、加熱・冷却のサイクルの中で、樹脂の膨張率・収縮率の微妙な違いのせいで、蓋がわずかに緩んでしまい、本体との間にわずかな隙間ができる場合があります。
その隙間から、PCR反応の内容物が蒸気となって漏れ出てしまうことがあります。
PCRが終わり、8連チューブを見てビックリ、中身の液量がすごく減っている場合があります。
キャンペーンに合わせて、そのときどきで購入するメーカーが違う、というラボは要注意です。

普段使い慣れていないサーマルサイクラーと使う場合は要注意です。
96穴の金属プレートの上にスペーサーを載せ、そこに反応させるチューブをセットしてサーマルサイクラーにかけた場合、実はスペーサーを使ってはダメで、スペーサーのせいでチューブが金属部分に接触せず、温度がうまく調節されなかった・・・というケースもあります。

ジェノタイピングでは結構あるケースです。
保存していたDNAがチューブの底に沈殿してしまっているにもかかわらず、DNAがほとんど含まれていない上清をPCRに使ってしまって失敗するというパターンです。
DNAは常温に戻し、ピペッティングで撹拌してから（ボルテックスやタッピングでは不十分）使用しましょう。