サーマルサイクラー PCR失敗

 

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サーマルサイクラーがPCRがかからない!失敗する場合の原因と対策

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RT-PCRやgenotypingによく用いられる実験機器であるサーマルサイクラー。
うまくPCRがかからない、いつもと違って何かがおかしい・・・という場合にチェックすべきポイントを3つ挙げておきます。

 

8連チューブの本体とフタのメーカーが合っていない

本体とフタが合っていない場合、加熱・冷却のサイクルの中で、樹脂の膨張率・収縮率の微妙な違いのせいで、蓋がわずかに緩んでしまい、本体との間にわずかな隙間ができる場合があります。
その隙間から、PCR反応の内容物が蒸気となって漏れ出てしまうことがあります。
PCRが終わり、8連チューブを見てビックリ、中身の液量がすごく減っている場合があります。
キャンペーンに合わせて、そのときどきで購入するメーカーが違う、というラボは要注意です。

 

チューブがちゃんと金属穴に入らずに浮いている

普段使い慣れていないサーマルサイクラーと使う場合は要注意です。
96穴の金属プレートの上にスペーサーを載せ、そこに反応させるチューブをセットしてサーマルサイクラーにかけた場合、実はスペーサーを使ってはダメで、スペーサーのせいでチューブが金属部分に接触せず、温度がうまく調節されなかった・・・というケースもあります。

 

DNAが入っていない

ジェノタイピングでは結構あるケースです。
保存していたDNAがチューブの底に沈殿してしまっているにもかかわらず、DNAがほとんど含まれていない上清をPCRに使ってしまって失敗するというパターンです。
DNAは常温に戻し、ピペッティングで撹拌してから(ボルテックスやタッピングでは不十分)使用しましょう。

 

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